“闇之書(shū)事件”（參照魔法少女奈葉A's）的10年后踏入19歳的高町奈葉、菲特·T·哈洛溫、八神疾風(fēng)三人懷抱著彼此的友情牽絆、為了追求各自的夢(mèng)想實(shí)現(xiàn)而加入時(shí)空管理局并以一流魔導(dǎo)師的身分活躍　　在此當(dāng)中出現(xiàn)了新發(fā)現(xiàn)的太古遺產(chǎn)“圣遺晶石”（レリック）以及以此為目標(biāo)而出現(xiàn)的謎樣機(jī)械兵器“共鳴拓發(fā)者”（ガジェットドローン）為了迅速對(duì)應(yīng)日后被稱(chēng)為“圣遺晶石事件”的狀況八神疾風(fēng)考慮到設(shè)置能夠迅速對(duì)應(yīng)的獨(dú)立部隊(duì)的必要性設(shè)立了專(zhuān)責(zé)處理與太古遺產(chǎn)關(guān)連任務(wù)的特殊部隊(duì)——“機(jī)動(dòng)六課”　　另一邊時(shí)間回溯到四年前昴·中島在遭到機(jī)場(chǎng)火災(zāi)卷入而幾乎喪命之際由于奈葉的出現(xiàn)而得救因?yàn)殂裤街缤白约豪硐胫械男蜗蟆币话愕哪稳~昴在當(dāng)晚的滿(mǎn)天星空之下做出了“成為管理局的魔導(dǎo)師”的決定　　四年后經(jīng)過(guò)一番波折而順利成為管理局的新進(jìn)魔導(dǎo)師的昴與訓(xùn)練校時(shí)代的伙伴蒂雅娜·蘭斯特共同挑戰(zhàn)魔導(dǎo)師的升格試驗(yàn)于遠(yuǎn)處凝視著兩人考試的分別是認(rèn)定兩人將成為“機(jī)動(dòng)六課”的明日之星而投以注意的疾風(fēng)與菲特、還有奈葉在三人的注視之中隨著宣告試驗(yàn)開(kāi)始的ReinForce II（統(tǒng)御之力zwei）的聲音拉開(kāi)了“StrikerS”故事的序幕